应用RFID的成本是这个行业关注的另外一个问题。每个条形码标签的价位为0.001美元，但是RFID标签的价格却接近于每个20到25美分。由于保健品的垂直市场并不是标签的传统市场，因此成本因素的挑战就显得相当有威胁。制药公司只是最近才开始追踪他们的供应链。而要在产品上贴上价格昂贵的标签，特别是在医疗设备领域中就要考虑RIFD系统的可执行性了。
RFID 系统中的隐私侵害使终端用户对安全忧心忡忡。在美国FDA通过了在人体内植入芯片的决议后这个问题似乎更加敏感。生产商们将不得不忙于拿出解决办法来，因为同样的问题会阻碍他们早日应用这项技术。
微笑的理由
除了上述受限制的因素外，还有另外一些可帮助市场成长的因素。其中一个就是提高操作效率的可能性。使用RFID需要对商业流程有一个深入的了解。这也就为企业改善流程，获得竞争优势提供了机会。通过提高操作效率，它也能实时知晓关键人物和关键设备所处的位置。就租金和劳动力来说，医疗设备的实时追踪能实现成本控制。医疗场所，特别是医院，可以从它们提供的服务中获得更强的竞争优势。
人们期望那些被施予了错误检查或得到不完善治疗的病人提出诉讼的情形出现时，追踪功也能同样起作用，以避免此类事情的发生。尽管仍然很容易产生错误，但在操作正确的情况下，人们期望RFID系统能减少发生此类状况的频率和降低错误的风险级别。
另外一种可被认作是驱动因素的是尽量控制由假冒药品产生危害的可能性。每年全球由假药产生的利益损失有150亿美元。
并行交易和网上药店也是一个问题。RFID技术提供了一种鉴别由药店自己研发出售药品的方法。但和条形码相比，RFID标签的高成本令人关注。
于2004年2月18日出版的FDA的报告—“要和假药抗争到底”，正视了RFID技术对于药品供应安全的关键性作用。在上面提到的报告的结尾处，一项于2004年11月发布的相关方针政策促进了和RFID相关的可行性研究和试点实验的实行。FDA的建议导致包括加利福尼亚和佛罗里达在内的多个州都要求通过供应链对船运药品进行追踪。还有其他很多的主动出击的例子，如权威机构CIMIT 的Operation Room of the Future（ORF）项目。发起这个项目是为了探究新技术平台以及在高科技和最低程度地侵犯隐私的情况下监测病人护理安全及功效系统的影响力。另外一个这样的例子就是，1996年颁布的HIPAA和美国医疗机构评审联合委员会（JCAHO）提出的安全指令，期望能让医院达到安全和隐私法令的要求。
未来潜力的试点研究
有8家生产企业参与了三个月的试点实验，包括Merck, Novartis和 Solvay，在大约180,000瓶药上贴上RFID标签，来反击非法药品交易后实验于2005年1月份结束。被称为Authentication at the Point of Dispensing (APOD) 的系统，能识别处方的名称和剂量、有效期和进行召回。其他执行试点项目的公司包括GlaxoSmithKline 和Purdue Pharma (生产奥施康定止痛药)。这两家公司已经根据Wal-Mart的要求开始粘贴托盘的RFID标签了。
